Od 2021 r. IOM Polska ułatwia współpracę instytucjonalną między IOM a Europejską Agencją Straży Granicznej i Przybrzeżnej (Frontex). Oba podmioty współpracują w obszarach: 

  • Europejskiego zintegrowanego zarządzania granicami;
  • Powrotów, readmisji i reintegracji; 
  • Zarządzanie granicami i mobilnością;
  • Ochroną i promocją praw człowieka i równouprawnieniem płci.

Od 2012 roku IOM jest także członkiem Forum Konsultacyjnego Praw Podstawowych Frontex’u.