Departament Zarządzania Migracjami IOM pracuje nad rozwojem wytycznych polityk w regionie, sformułowaniem globalnych strategii, ustanowieniem standardów i kontrolą jakości, a także nad zarządzaniem wiedzą dotyczącą głównych sektorów migracji, takich jak: migracja pracownicza i wspierana przez państwo goszczące, wpływ migracji na rozwój, przeciwdziałanie handlowi ludźmi, pomoc w dobrowolnym powrocie, migracje i zdrowie, i pomoc tym szczególnie narażonym. Ponadto imigracja i zarządzanie granicami oraz w ogólności rozwijanie potencjału w zarządzaniu migracjami.

Departament zarządza również Funduszem Rozwoju IOM i jest odpowiedzialny za opiniowanie, zatwierdzanie i zarządzanie globalnymi i regionalnymi projektami. Departament zapewnia techniczny nadzór nad projektami i wsparcie regionalnych specjalistów. Jest równiez odpowiedzialny za utrzymywanie partnerstw z poszczególnymi rządowymi, biznesowymi i wielostronnymi podmiotami, wraz z Departamentem Współpracy i Partnerstwa.

W Polsce IOM pomaga migrantom i uchodźcom w lepszej integracji, wspiera społeczności przyjmujące w dostrzeżeniu i uznaniu pozytywnego wkładu migrantów w życie wspólnoty.